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जेल वैद्युतकणसंचलन एक ऐसी तकनीक है जो डीएनए को अपने घटक अणुओं के स्तर पर विश्लेषण करने की अनुमति देती है। इस डीएनए विज़ुअलाइज़ेशन विधि में, नमूनों को एक agarose जेल माध्यम पर रखा जाता है और जेल पर एक विद्युत क्षेत्र लगाया जाता है। यह डीएनए के टुकड़े को उनके विद्युत गुणों के अनुसार अलग-अलग दर पर जेल के माध्यम से पलायन करने का कारण बनता है।
ऐथिडियम ब्रोमाइड
इस विज़ुअलाइज़ेशन तकनीक के लिए, एथिडियम ब्रोमाइड को इलेक्ट्रोफोरेसिस से पहले जेल मैट्रिक्स बनाने के लिए agarose पाउडर, EDTA बफर और पानी के साथ मिलाया जाता है। नतीजतन, एथिडियम ब्रोमाइड के अणु पूरे मैट्रिक्स में समान रूप से फैल जाते हैं। एक बार जैल कुओं को उनके संबंधित डीएनए नमूनों और ट्रैकिंग रंजक से भर दिया जाता है, तो वोल्टेज को मैट्रिक्स में बड़े, ध्रुवीय यौगिकों को धीरे-धीरे खींचने के लिए लगाया जाता है।
इस आंदोलन के दौरान, डीएनए अणुओं के आधार एथिडियम ब्रोमाइड चार्ज के लिए कणों को अस्थायी रूप से बांधते हैं, साथ खींचते हैं। जब तक जेल वैद्युतकणसंचलन पूरा हो जाता है, तब तक प्रत्येक डीएनए अणु एथिडियम ब्रोमाइड की महत्वपूर्ण मात्रा में उठाया जाता है।
पराबैंगनी प्रकाश की उपस्थिति में, एथिडियम ब्रोमाइड प्रतिदीप्ति प्रदर्शित करता है। तकनीशियन जेल में एक विशेष रूप से कैलिब्रेटेड यूवी प्रकाश को चमकते हैं, जबकि एक मशीन चमकते टुकड़े की तस्वीर को पकड़ती है।
मेथिलीन ब्लू
यदि एक यूवी ट्रांसिल्यूमिनर उपलब्ध नहीं है या व्यावहारिक नहीं है, तो तकनीशियन सामान्य रूप से दिखाई देने वाले डीएनए को तैयार कर सकते हैं ताकि तैयार किए गए agarose जेल को भिगोकर, इलेक्ट्रोफोराइज़्ड डीएनए के साथ, मिथाइलीन ब्लू के एक घोल में रात भर रखा जा सके।
एक क्लोराइड नमक काफी हाइड्रोफोबिक आयन के साथ, मिथाइलीन नीले अणु पूरे जेल मैट्रिक्स में प्रवेश करता है। हालांकि, पूरे डीएनए में हाइड्रोजन बॉन्डिंग से दाग के अणु जमा हो जाते हैं। इससे बढ़े हुए डीएनए दाग घनत्व नीले रंग की एक गहरी छाया, नग्न आंखों को दिखाई देता है।
ट्रैकिंग रंजक
डीएनए बैंड के सापेक्ष आकार से परे, तकनीशियन ट्रैकिंग डाईज़ नामक रसायनों का उपयोग करके प्रत्येक टुकड़े के पूर्ण आकार (आधार-जोड़े में) को माप सकते हैं। मेथिलीन ब्लू या एथिडियम ब्रोमाइड के अतिरिक्त के बिना दृश्यमान, ब्रोमोफेनॉल नीले और ज़ाइलिन सियानोल जैसे ट्रैकिंग रंग, वैद्युतकणसंचलन के दौरान aragose जेल मैट्रिसेस में समान गति से बढ़ते हैं, क्रमशः डीएनए न्यूक्लियोटाइड्स और 4,000 न्यूक्लियोटाइड्स से युक्त डीएनए विकिरण। वैद्युतकणसंचलन में, अधिक बड़े पैमाने पर डीएनए टुकड़े छोटे टुकड़ों की तुलना में धीमी गति से जेल मैट्रिक्स में यात्रा करते हैं। इसलिए, जबकि डाई की ट्रैकिंग सीधे डीएनए के टुकड़ों की दृश्यता को प्रभावित नहीं करती है, जेल में डीएनए के टुकड़े की स्थिति की तुलना इन रंगों की स्थिति से की जाती है, जो तकनीशियनों को डीएनए टुकड़े में न्यूक्लियोटाइड की अनुमानित संख्या को "देखने" की अनुमति देता है।